بر اساس مواد ۵ و ۶ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد، این مناطق توسط دولت اداره می‌شوند؛ بنابراین به نظر می‌رسد که در تصویب لایحه منطقه آزاد سرخس این منطقه نیز در اختیار دولت قرار خواهد گرفت.